手术治疗是肝癌首选的治疗方法，通过完整的清除肿瘤组织，达到治愈的目的。现代肝脏外科手术技术日益进步，肿瘤大小并不是制约手术的关键因素。能否切除和切除的疗效除了与肿瘤大小和数目有关，还与肝脏功能、肝硬化程度、肿瘤部位、肿瘤界限、有无完整包膜及静脉癌栓等有非常密切的关系。早期肝癌手术切除后一年生存率达80%以上，五年生存率达50%以上。如在术后辅以综合性治疗，可以获得更好的效果。
外科治疗手段除了肝切除还可以选择肝移植手术，尤其对于那些合并肝硬化，肝功能失代偿的小肝癌患者，肝移植手术是最佳的选择。目前，我国每年大约开展4000例肝移植手术，其中肝癌患者比例高达40%。关于肝癌肝移植的适应证有很多标准，主要关注肿瘤的大小、数目和有无血管侵润及淋巴结转移。
其它治疗
包括射频消融、微波消融、高强度聚焦超声、动脉化疗栓塞、酒精注射、冷冻治疗、放疗、分子靶向治疗、免疫治疗和中医药治疗等，主要用于由于各种原因不能接受手术治疗的患者。
其中，肝癌射频消融或微波消融治疗原理是利用微波或射频的热效应，通过组织中极性分子尤其是水分子的振荡加热肝组织，从而在靶区内引起热凝固，通俗点说就是烧死肿瘤，能达到与肝癌切除、肝移植相媲美的根治效果。适用于较小的单发肝癌，并远离重要血管，肝癌手术切除术后复发或肝功能储备功能差不能耐受手术切除的肝癌患者。
肝动脉介入栓塞化疗即通过动脉置管的方法到达肝动脉，注入栓塞剂或抗癌药，常用于不能手术切除的中晚期肝癌患者，能够达到控制疾病延长生存的目的。对于不宜作肝动脉介入治疗者和某些姑息性手术后患者，可采用联合或序贯化疗，但是肝癌对化疗效果不佳，常达不到好的治疗效果。