本学科的总体建设目标是建成省内一流、知名的高水平、高研究的外科中心，其主要特征是：“创新性、研究性、高水平”。省内一流的指标是指学科在省内普通外科领域位于前列；省内知名是指具有省内领先的科研成果，具有广泛国内合作和国际化的人才培养；高水平是指具有充足的临床和基础研究经费，全面深入开展医疗和科研工作，使学科成为省内本专业高水平的医疗和科研的基地。

本学科的发展思路是以台州市三门县的医疗卫生事业的战略需求为向导，以科学研究创新为目标，以提高科研水平、突出科研特色为宗旨，瞄准国内前瞻性、前沿性、战略性研究领域，巩固发展本学科的优势和特色，产生层次更高、数量更多的科研成果；加强医疗、教学和科研基础设施的建设，优化资源配置，改善物质条件，为本学科的持续发展奠定坚实的基础，为实现科研水平的突破以及不断提升整体的竞争力提供保障；矢志不渝地培养高层次的优秀人才和学术骨干，形成梯队合理，富有朝气，勇于创新的优秀学术群体；努力创造一种良好的学术环境，一种崇高科学，探索真理、学术自由、科研严谨的浓厚学术环境；加强学科之间合作及国内外学术交流，竭力构建一种奋发向上、充满活力的学术氛围。